在水生动物疾病的诊断过程中，问诊完毕之后，就要对水生动物进行观察。通常在大多数的时候，水生动物一旦患病，会引起水生动物机体的病原的寄生部位，或者是其他致病因素作用的靶器官的组织发生一些病变，这些病变我们就称为症状。在水生动物观察的过程中，通常是从这些症状入手，进行病因的查找和分析。在养殖基层，通常使用的方法有目检，剖检，镜检等手段。
供检的动物必须是患病濒临死亡的个体，或者刚刚死亡的个体。死亡已久的个体，体色已经改变，机体组织结构已发生变化，症状不明显，有些病原体已经脱落，很难去诊断，分析病因，做到正确的诊断，因此不能作为供检的个体。
而在鱼类的病理症状的观察和分析中，为了便于操作，一般是从体表到鳃，最后在进行剖检，基本上遵循由表及里的顺序。
1体表及口腔的病理症状及病理分析体表和口腔这部分的观察主要是看鱼的体色是否正常，体表的粘液状况，是否有出血，有腐皮，烂嘴，红点，白点，白毛，溃疡，裂头，尾鳍发白，肛门红肿。肉眼可见的大型寄生虫等症状。
图1示*颡鱼正常体色与异常体色之间的对比
体色变异多见于无鳞鱼（图1），目前一般认为饲料当中的抗营养因子（非蛋白氮，油脂氧化，霉菌*素）以及饲料当中营养素的缺乏（比如维生素C等）是导致无鳞鱼养殖过程中出现体色异常的主要原因，因此，鱼类的营养是是诊断过程中无鳞鱼体色异常的病因需要考虑的首要因素。
图2示草鱼头部及尾鳍的出血
如果池塘内没有出现其他混养鱼的死亡，且草鱼在2龄以下，没有注射草鱼出血病疫苗的话，首先应该考虑患有草鱼出血病的可能，草鱼出血病有三种类型“红肌肉型”，红鳍红鳃盖型（图2），以及肠炎型。在诊断的过程中，特别要留意草鱼出血病（肠炎型）与细菌性肠炎的区别。
图3：示花鲢头部充血
引起鱼体表的充血（图3），除了细菌性感染，还有可能是拉网，转塘等操作导致鱼类应激引起的，在诊断过程中，需要根据具体情况进行区分，结合问诊的情况以及后面的剖检情况进行具体分析。
图4示草鱼头部鳃盖的“开天窗”
“开天窗”（图4）是草鱼细菌性烂鳃的典型症状，在后面鳃部的病理观察过程中要特别留意。
图5，示眼球浑浊发白
在诊断过程中，引起鱼类眼球发白的原因有细菌感染，营养元素（主要是维生素）的缺乏以及寄生虫感染，需要结合鱼的其他情况具体分析，比如，如果罗非鱼的眼球浑浊发白（图5），机体其他部位有细菌感染的症状，则诊断过程中首先要考虑链球菌，如果是花白鲢，则首先要考虑茎双穴吸虫。
图6示肝门红肿
鱼类的肛门红肿（图6）一般预示着肠炎，在后面的内脏器官的剖检过程中需要留意。
图7示鲈鱼体表的溃疡病灶
图8示鱼头部的“裂口”
在水生动物疾病的诊断过程中，“烂身”（图7）主要见于无鳞鱼和鳞片较细的鱼，相对于“裂头”（图8）仅在*颡鱼养殖过程中有出现的报道，疾病发生固然跟动物机体本身的结构有关，相对鱼鳞片比较厚的有鳞鱼而言，它们的机体表皮容易受到细菌的感染，裂头和烂身的病灶组织，几乎都可以分离到细菌，但是，引发疾病其他原因往往容易忽视，饵料当中的抗营养因子对机体相关组织的损伤有关，高密度养殖导致的养殖生态环境失衡，养殖水质和底质的恶化也是疾病爆发的重要因素。
图9示金鲳体表的白点
而对于体表出现白点（图9），或囊胞，粘液增多，加上在前面的问诊当中池塘里面的鱼类有狂躁不安等情况，觉得体表有寄生虫的征兆，就要刮取体表的粘液做成水浸片，在显微镜下进行镜检，对于体表出现的寄生虫，可以通过镜检确诊。一般在鱼的体表常见的的寄生虫有车轮虫（图14），小瓜虫（图10），斜管虫，杯体虫，波豆虫（图11），本尼登虫（图12），线虫（图17），锚头蚤（图），鱼虱（图18），粘孢子虫等，其中，粘孢子虫一般在体表形成白色的囊胞，锚头蚤一般导致寄生部位出现红肿和炎症。其中，线虫，本尼登虫，锚头蚤，鱼虱等可以肉眼观察得到。
图10显微镜下的小瓜虫
图11鱼波豆虫
图12寄生于海水鱼体表的本尼登虫
图13累枝虫
图14车轮虫
图15斜管虫（a,b,c为腹面观，d为侧面观）
图16寄生于体表的锚头鳋
图17寄生于体表的线虫
图18寄生于体表的鱼虱
对于鱼的口腔，则要留意口腔内是否有大型寄生虫如鱼虱和日本鱼怪。
图19寄生于石斑鱼口腔中的鱼怪
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